عوامل اصلی تهدید کننده ایمنی غذایی عبارتند از :
باکتریها و سایر عوامل میکروبی ناشی از دستکاری نامناسب غذا
آلوده کننده محیطی باقی مانده مواد مورد استفاده در تولید و عمل آوری محصولات کشاورزی مثل آفت‌کش‌ها. مردم عموما باقیمانده‌ی کشاورزی، آفت کش و داروهای دامپزشکی را علت اصلی خطراتسلامتی می‌دانند ولی در واقع اینطور نیست. برای مثال در اروپا این عوامل باعث فقط نیم درصد بیماریهای ناشی از غذا می‌شوند.
شایعتر از آن آلودگی توسط باکتریها، انگل‌ها، ویروس‌ها، قارچ‌ها یا سموم آنها می‌باشد که احتمالا روز به روز شایعتر نیز می‌شود. بیماریهای جدید ناشی از غذا مثل آلودگی با دیوکسین و دام‌های آلوده به ویروس جنون گاوی باعث افزایش توجه عمومی به ایمنی غذایی شده‌اند. البته اطلاعات کافی وجود ندارد که آیا امروزه ایمنی غذاها از گذشته بیشتر یا کمتر شده است.
نکته‌‌ای که واضح است این است که سیستم هشدار دهنده و مکانیسم‌های پاسخ‌دهی سریعتر و موثرتری لازم است تا از سلامت جامعه به طور کامل محافظت کند.
سایر موارد مربوط به ایمنی غذایی عبارتند از :
مقاومت نسبت به آنتی‌بیوتیکها در بعضی عوامل بیماری‌زا مثل گونه‌های از سالمونلا که باعث مشکل شدن درمان آنها می‌شود.
استفاده از ارگانیسمهای تغییر ژنتیکی یافته در تولید غذا که میتوانند منجر به انتقال عوامل حساسیت‌زا و مقاومت به آنتی‌بیوتیکها شوند.
غذاهای آلی که دارای مواد محافظت کننده شیمیایی نیستند و بنابراین احتمال بیشتری برای آلودگی دارند.
کشورهای در حال توسعه : موارد اختصاصی
آلودگی میکروبی در مناطقی که بهداشت کم است شایع بوده و غالبا دلیل آن فقدان دسترسی به آب تمیز می‌باشد. این مسئله علت اصلی بیماریهای خاص که در بین کودکان است.
سوء استفاده و استفاده بیش از حد از آفت کش‌ها گاهی منجر به سطوح بالا و خطرناک مواد باقی مانده ناشی از آن در غذاها می‌شود.
در مناطقی که سیستم نظارتی ضعیف است کشورها در معرض فروش ارزانتر غذاهای نامطمئن توسط تجار فاقد اصول اخلاقی هستند.
صادرات غذاهای با کیفیت پایین به کشورهای در حال توسعه میتواند منجر به پس دادن این محموله‌ها و در نتیجه محروم شدن کشورهای صادر کننده از تبادلات خارجی و نهایتا سختی و مشقت در جوامع کشاورزی می‌شود.
آکا ایران